土地纠纷调处的程序因争议双方的主体不同而有不同。依照我国《土地管理法》第十三条对土地流转纠纷调解规定：
(一)土地所有权和使用权的争议先由当事人协商解决。
(二)土地争议双方协商不成的，由当地土地管理部门进行调解，签订权属地界协议书。
(三)协商、调解不成的，按《土地管理法》第十三条规定：全民所有制单位之间、集体所有制单位之间、全民所有制单位和集体所有制单位之间的土地所有权和使用权的争议，由区，县级以上做出处理决定。如属个人之间、个人与全民所有制单位和集体所有制单位之间的土地使用权的争议，由乡级或区、县级做出处理决定。农村土地权属纠纷是怎么处理的?
(四)发生严重的侵犯行为，引起重大的财产损失和人身事故，触犯法律的可直接由人民或人民处理。
(五)跨越县、市、省级行政管辖区的土地权属争议，各由其上一级处理。这类纠纷涉及面广，情况复杂的，由省、直辖市、自治区或的土地管理机关组织有关部门临时组成仲裁委员会进行调解和裁决，并经所在省、直辖市、自治区或批准执行。
(六)地方单位或个人与驻军发生的土地权属纠纷，由县以上处理;如当事人双方的土地跨县、市、省的，参照上述规定处理。
(七)当事人对有关的处理决定不服的，根据《土地管理法》第十三条规定，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民起诉。但土地所有权争议解决之前，任何一方不得改变土地现状，不得破坏地上附着物。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国土地管理法》
第十六条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由处理。单位之间的争议，由县级以上处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级或者县级以上处理。当事人对有关的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
《中华人民共和国农村土地承包法》
第五十五条
因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）等调解解决。
当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民起诉。